Compter les globules blancs, analyser les partitions
Mathieu Giraud
Comparer, et plus généralement traiter, analyser ou indexer les séquences de caractères constitue le champ de recherche de l''algorithmique du texte. Chercheur CNRS en informatique depuis fin 2006 dans le laboratoire LIFL, maintenant CRIStAL (UMR 9189, Université de Lille), Mathieu Giraud a eu son parcours académique rythmé par les comparaisons de séquences. Ce manuscrit d'habilitation décrit les deux projets dans lesquels il s'est investi les cinq dernières années. Au sein de l'équipe Bonsai, commune avec le centre Inria Lille, Mathieu mène avec Mikaël Salson un projet de bioinformatique appliqué à l'hématologie et l'immunologie sur l'analyse des populations de lymphocytes par leurs recombinaisons V(D)J (« Compter les globules blancs »). Débuté par une collaboration avec des collègues bioinformaticiens et hématologues de l'hôpital de Lille, ce projet combine algorithmique pour l'immunologie et l'hématologie, développement logiciel et applications fondamentales et cliniques. Le logiciel Vidjil conçu par Mathieu et ses collègues est utilisé régulièrement par plusieurs laboratoires en France et à l'étranger, dont, en situation de routine, à l'hôpital de Lille. Mathieu dirige aussi un projet d'informatique musicale (« Analyser les partitions »). Les humanités numériques lient les méthodes informatiques au patrimoine culturel et à la recherche en sciences humaines et sociales. Est-ce qu'un ordinateur peut comprendre la musique? L'équipe émergente Algomus, répartie entre les laboratoires MIS (Amiens, Univ. Picardie Jules Verne) et CRIStAL, rassemble expertise musicologique et compétences algorithmiques pour proposer des méthodes analysant les partitions musicales -- comparaison de motifs et d'accords, détection de textures, analyse de formes. Algomus mène des collaborations pluridisciplinaires avec des musicologues, des professeurs de musique et des artistes et réalise des projets combinant science et art. Ce manuscrit se conclut par la description d'actions de médiation