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  Metagenomic Analysis of the Abundance and Composition of Antibiotic Resistance Genes in Hospital Wastewater in Benin, Burkina Faso, and Finland

  ABSTRACTAntibiotic resistance is a global threat to human health, with the most severe effect in low- and middle-income countries. We explored the presence of antibiotic resistance genes (ARGs) in the hospital wastewater (HWW) of nine hospitals in Benin and Burkina Faso, two low-income countries in West Africa, with shotgun metagenomic sequencing. For comparison, we also studied six hospitals in Finland. The highest sum of the relative abundance of ARGs in the 68 HWW samples was detected in Benin and the lowest in Finland. HWW resistomes and mobilomes in Benin and Burkina Faso resembled each other more than those in Finland. Many carbapenemase genes were detected at various abundances, especially in HWW from Burkina Faso and Finland. The blaGES genes, the most widespread carbapenemase gene in the Beninese HWW, were also found in water intended for hand washing and in a puddle at a hospital yard in Benin. mcr genes were detected in the HWW of all three countries, with mcr-5 being the most common mcr gene. These and other mcr genes were observed in very high relative abundances, even in treated wastewater in Burkina Faso and a street gutter in Benin. The results highlight the importance of wastewater treatment, with particular attention to HWW.IMPORTANCE The global emergence and increased spread of antibiotic resistance threaten the effectiveness of antibiotics and, thus, the health of the entire population. Therefore, understanding the resistomes in different geographical locations is crucial in the global fight against the antibiotic resistance crisis. However, this information is scarce in many low- and middle-income countries (LMICs), such as those in West Africa. In this study, we describe the resistomes of hospital wastewater in Benin and Burkina Faso and, as a comparison, Finland. Our results help to understand the hitherto unrevealed resistance in Beninese and Burkinabe hospitals. Furthermore, the results emphasize the importance of wastewater management infra

  Biologie cellulaire et moléculaireGénétiqueMicrobiologie (bactériologie, virologie)Licence : Creative Commons Attribution 4.0 International license This is an open-access article distributed under the terms of the.

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  Metagenomic-Based Screening and Molecular Characterization of Cowpea-Infecting Viruses in Burkina Faso

  Cowpea, (Vigna unguiculata L. (Walp)) is an annual tropical grain legume. Often referred to as “poor man’s meat”, cowpea is one of the most important subsistence legumes cultivated in West Africa due to the high protein content of its seeds. However, African cowpea production can be seriously constrained by viral diseases that reduce yields. While twelve cowpea-infecting viruses have been reported from Africa, only three of these have so-far been reported from Burkina Faso. Here we use a virion-associated nucleic acids (VANA)-based metagenomics method to screen for the presence of cowpea viruses from plants collected from the three agro-climatic zones of Burkina Faso. Besides the three cowpea-infecting virus species which have previously been reported from Burkina Faso (Cowpea aphid borne mosaic virus [Family Potyviridae], the Blackeye cowpea mosaic virus—a strain of Bean common mosaic virus—[Family Potyviridae] and Cowpea mottle virus [Family Tombusviridae]) five additional viruses were identified: Southern cowpea mosaic virus (Sobemovirus genus), two previously uncharacterised polerovirus-like species (Family Luteoviridae), a previously uncharacterised tombusvirus-like species (Family Tombusviridae) and a previously uncharacterised mycotymovirus-like species (Family Tymoviridae). Overall, potyviruses were the most prevalent cowpea viruses (detected in 65.5% of samples) and the Southern Sudan zone of Burkina Faso was found to harbour the greatest degrees of viral diversity and viral prevalence. Partial genome sequences of the two novel polerovirus-like and tombusvirus-like species were determined and RT-PCR primers were designed for use in Burkina Faso to routinely detect all of these cowpea-associated viruses.

  Biologie cellulaire et moléculaireGénétiqueBiostatistiques et épidémiologieLicence : Creative Commons Attribution License This is an open access article distributed under the terms of the, which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original author and source are credited.

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  Métastase anale d'un adénocarcinome du sigmoïde: la partie visible de l'iceberg

  Rachid El Barni, Mohamed Lahkim, Jawad Fassi Fihri, Abdelhadi Mejdane, Rachid Bouchama, Abdessamad Achour

  Les auteurs rapportent l'observation d'une métastase anale d'un adénocarcinome sigmoïdien dont le traitement a consisté en une amputation abdominopérinéale du rectum, étendue au côlon sigmoïde avec colostomie iliaque gauche définitive. Les différents mécanismes d'extension tumorale sont discutés et la greffe de cellules tumorales viables exfoliées dans la lumière colique est le mécanisme le plus souvent retenu.

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  Métastase atypique du cuir chevelu et surrénalienne d'un carcinome urothelial de la vessie

  Serpos Dossou, Laurianne James, Mohammed Afif, Leila Rahali, Amine Bazine, Joelle Irigo, Etienne Ogandaga, Tayeb Kebdani, Fouad Kettani, Noureddine Benjaafar

  Les métastases du cuir chevelu et surrénaliennes d'un carcinome urothélial de la vessie sont rares, peu de cas ont été rapportés dans la littérature, et la chimiothérapie est le traitement de choix. Nous rapportons le cas d'une femme de 60 ans qui présente un carcinome urothélial stade IV avec métastases surrénaliennes, pulmonaire et osseuses (cotes et scapula). Deux lignes de chimiothérapies ont été instaurées et la patiente bénéficia d'une radiothérapie palliative antalgique sur la scapula. Après la première ligne de chimiothérapie, une masse du cuir chevelu augmentant progressivement de volume apparue, une biopsie fut faite et le diagnostic de métastase d'un carcinome urothélial de la vessie fut confirmé par l'histologie.

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  Metastase axillaire d'un carcinome papillaire de la thyroïde: à propos d'un cas

  Rhizlane El Khiati, Laila Ouaissi, Sami Rouadi, Redallah Abada, Mohamed Mahtar, Mohamed Roubal, Abdellah Janah, Mustapha Essaadi, Fatmi Kadiri

  Les métastases axillaires dans le cadre d'un cancer de la thyroïde sont extrêmement rares. Plusieurs hypothèses expliquent ce drainage. Nous rapportons le cas d'un patient de 78 ans ayant pour antécédents chirurgicaux une lobo-isthmectomie en 1987, puis une totalisation chirurgicale en 1997 non documentés, admis en septembre 2008 pour exploration d'une masse latéro-cervicale gauche. Le reste de l'examen clinique révèle la présence de multiples adénopathies axillaires bilatérales. La biopsie exérèse d'une adénopathie axillaire droite (côté controlatéral) retrouve une métastase ganglionnaire d'un carcinome papillaire de la thyroïde avec effraction capsulaire. La tomodensitométrie cervico-thoracique note la présence d'un processus tumoral latéro-cervical gauche, un lobe thyroïdien droit siège de multiples nodules hypodenses, des adénopathies cervicales et axillaires et des lésions suspectes au niveau du parenchyme pulmonaire. Une thyroïdectomie totale avec curage ganglionnaire cervical est décidée, complétée par une ablation des ganglions axillaires macroscopiquement atteints. Des cures d'iode radioactif (IRA-thérapie) sont indiquées. Bien qu'exceptionnelle, la présence de métastases axillaires d'un carcinome thyroïdien est de pronostic péjoratif. On se demande alors si ces patients ne nécessitent pas une prise en charge particulière. Une réflexion à une stratégie thérapeutique est donc nécessaire.

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  Métastase caverneuse d’une tumeur de vessie

  Mohammed Alae Touzani, Othmane Yddoussalah

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  Métastase cérébrale d'un cancer de l'endomètre: à propos d'un cas et une revue de la literature

  Fadila Kouhen, Mohammed Afif, Mustapha El kabous, Fadoua Raiss, Naoual Benhmidou, Sanaa Majjaoui, Hanan Elkacemi, Tayeb Kebdani, Noureddine Benjaafar

  Les métastases cérébrales du cancer de l'endomètre sont rares, peu de cas ont été rapportés dans la littérature. Nous rapportons le cas d'une patiente de 62 ans qui a été traitée en 2009 pour un adénocarcinome de l'endomètre classé initialement stade Ia de la FIGO, grade 3 de l'OMS et qui a présenté deux ans après, une métastase cérébrale unique sans autres métastases à distance, traitée par une irradiation sur l'encéphale total à une dose de 30gy (10x3Gy) suivie d'une chimiothérapie à base de paclitaxel et carboplatine, avec une bonne évolution clinique et radiologique.

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  Métastase cérébrale d'un carcinome du col utérin

  Tarik Chekrine, Abdesalam Hassouni, Hassan Jouhadi, Souha Sahraoui, Zineb Bouchbika, Amina Taleb, Nadia Benchakroun, Nezha Tawfiq, Abdellatif Benider

  Les métastases cérébrales des cancers du col de l′utérus sont extrêmement rares. Elles sont généralement supra-tentorielles, survenant à un stade avancé de la maladie et dans un cadre de néoplasie polymétastatique. La tumeur primitive est le plus souvent un carcinome épidermoïde peu différencié. Leur pronostic reste sombre malgré toutes les options thérapeutiques. Vu la rareté de cet événement et le peu de cas publiés dans la littérature, nous rapportons l'observation clinique d'une jeune patiente de 44 ans, opérée pour un carcinome du col utérin et qui présente 14 mois plus tard des métastases cérébrales sus et sous tentorielles associées à des métastases ganglionnaires lombo-aortique, médiastinale et sus-claviculaire. Elle a bénéficié d'un traitement palliatif associant une chimiothérapie et une radiothérapie pan encéphalique. Devant l'altération rapide de l'état général, la patiente a été mise sous un traitement symptomatique et des soins de support.

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  Métastase costale révélant un carcinome épidermoïde de l’œsophage

  Mamadou Ngoné Gueye, Gnagna Diouf, Daouda Dia, Awa Boye, Thierno Fall, Jean Louis Diémé, Oumar Ba, Mouhamadou Mbengue

  Le cancer de l'œsophage est une tumeur de mauvais pronostic. Sa gravité est liée au retard de diagnostic qui se fait le plus souvent au stade de métastase en Afrique. Les métastases costales de ce cancer sont rares. Nous rapportons un cas de carcinome épidermoïde du bas œsophage avec métastases costales lytiques chez une patiente sénégalaise de 38 ans. Il s’agissait de madame TD, âgée de 38 ans admise pour une tuméfaction douloureuse de l’hémithorax droit dans un contexte d’amaigrissement. La patiente signalait par ailleurs une dysphagie d’allure mécanique évoluant depuis 4 mois qui n’avait pas motivé de consultation. L’examen objectivait un mauvais état général, une tuméfaction dure, sensible mesurant 3 cm de grand axe, siégeant sur la face antérolatérale de l’hémithorax droit en regard de la 5ème côte. Les examens biologiques mettaient en évidence une anémie normochrome normocytaire avec un taux d’hémoglobine à 9,4 g/dl, un syndrome inflammatoire biologique non spécifique et une hypercalcémie (calcémie corrigée= 107 mg/l). L’endoscopie oeso-gastroduodénale objectivait une lésion ulcéro bourgeonnante sténosante à 32 cm des arcades dentaires. L’examen anatomopathologique des biopsies mettait en évidence un carcinome épidermoïde moyennement différencié. La tomodensitométrie thoraco-abdomino pelvienne montrait en plus de la tumeur œsophagienne, une lyse osseuse de l’arc antérieure de la 5ème côte, des nodules pulmonaires carcinomateuses et un épanchement pleural bilatéral. La ponction exploratrice du liquide pleural ramenait un liquide sérohématique et l’examen cytologique de ce liquide objectivait des cellules carcinomateuses. Le diagnostic de carcinome épidermoïde du bas œsophage avec métastases costales, pleurales et pulmonaires était retenu et un traitement palliatif instauré. L’évolution était marquée par le décès de la patiente survenu 3 mois après la réalisation de la gastrostomie, dans un tableau de détresse respiratoire. L’originalité de cette observation tie

  HématologieLicence : The Pan African Medical Journal - ISSN 1937-8688. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution License which permits unrestricted use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.

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  Métastase crânienne d’un adénocarcinome rectal: à propos d’un cas avec revue de la littérature

  Hamza Samlali, Zineb Bouchbika, Zineb Bennani, Amina Taleb, Nadia Benchekroune, Hassan Jouhadi, Nezha Tawfiq, Souha Sahraoui, Abdellatif Benider

  Les métastases osseuses sont généralement d'origine pulmonaire, prostatique, rénale, vésicale ou thyroïdienne chez les hommes. Une origine colorectale est rare. Peu de publications ont décrit ce type de métastases, la localisation la plus fréquente est le rachis axial ou le bassin. La localisation crânio-faciale est exceptionnelle. Nous relatons ainsi le cas d'une observation d'un homme suivi pour un cancer du rectum métastatique avec une métastase osseuse temporale. Notre observation se rapportait à l'histoire d'un homme âgé de 38 ans suivi pour un cancer du rectum initialement opéré par résection antérieur classant la tumeur pT3N0M0. 24 mois après, le patient présentait une exophtalmie gauche révélant un processus tumoral temporal. L'évolution et le contexte étaient en faveur d'une métastase. En conclusion, nous rapportons dans cette observation, un cas exceptionnel d'une métastase osseuse crânio-faciale d'un cancer colo-rectal multi-métastatique qui pourra enrichir les rares données rapportées dans la littérature se rapportant aux métastases osseuses de primitif colo-rectal.

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  Métastase cutanée d'un carcinome indifférencié du cavum: à propos d'un cas

  Fadila Kouhen, Fayçal Abbad, Amal Hajjij, Akram Mejdoubi, Nabil Ismaili

  Les métastases cutanées du carcinome indifférencié du cavum représentent une entité clinique rare, de pronostic défavorable. Nous rapportons à travers cette observation le cas d'un jeune patient de 16 ans qui présente 6 mois après la fin de sa radiochimiothérapie concomitante, pour un carcinome indifférencié du cavum, une métastase cutanée unique au niveau du scalp avec une évolution rapide et le patient est décédé un mois après le diagnostic de la métastase. Vu son pronostic sombre, le diagnostic de métastases cutanées doit toujours être évoqué devant des lésions cutanées chez les patients ayant un antécédent de cancer.

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  Métastase exceptionnelle d'un glioblastome

  Mohamed Moukhlissi, Farid Naciri

  Les métastases extracrâniennes découlant de glioblastome sont rares et le mécanisme de leur diffusion n'est pas bien connu. Nous rapportons le cas d'un homme suivi pour un glioblastome traité par chirurgie suivie d'une radiothérapie encéphalique avec Temozolamide en concomitant, et qui a présenté une métastase des parties molles.

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  Métastase géante sous cutanée d'un carcinome vésiculaire de la thyroïde: à propos d'un cas

  Ny Ony Tiana Andrianandrasana, Malala Razakanaivo, Marie Ida Rahantamalala, Florine Josoa Rafaramino

  La localisation secondaire sous-cutanée de carcinome vésiculaire de la thyroïde est inhabituelle. Elle représente au plus 5,8% de sites métastatiques préférentielles de la thyroïde. Il s'agit d'une femme de 60 ans, présentant une énorme tuméfaction hypervasculaire du tissu sous-cutané du crâne, d'évolution lente, après 7 ans d'une lobectomie droite de la thyroïde. Le bilan anatomo-pathologique a conduit au diagnostic de carcinome vésiculaire de la thyroïde. Une intervention chirurgicale consistait à réduire la lésion du crâne ainsi qu'une thyroïdectomie a été réalisée. Actuellement, elle est en attente d'un traitement par l'iode radio-actif. La métastase de carcinome vésiculaire du scalp existe malgré que c'est rare. Toutefois, à ce stade le pronostic reste défavorable.

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  Métastase mammaire d'un carcinome médullaire de la thyroïde

  Asma Gargoura, Naziha Khammassi

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  Métastase musculaire d'un carcinome épidermoide du col utérin: à propos d'un cas avec revue de la littérature

  Imane Mezouri, Hanane Chenna, Sara Bellefqih, Hanan ElKacemi, Tayeb Kebdani, Noureddine Benjaafar

  Les métastases musculaires sont rares, leur nombre est probablement sous estimé. Nous rapportons le cas d'une patiente âgée de 65 ans, ayant présenté une métastase musculaire d'un carcinome épidermoïde du col utérin 6 mois après le diagnostic de la tumeur primitive. Le diagnostic a été obtenu à partir de la biopsie et du scanner abdomino-pelvien. Le traitement a consisté en une irradiation palliative à la dose de 30Gy. L’évolution a été marquée par le décès de la patiente. A travers ce cas clinique on a démontré que le muscle peut être touché par les métastases d'un carcinome épidermoïde du col utérin et que leur pronostic reste en général péjoratif.

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  Métastase oculaire révélant un carcinome canalaire du sein

  Saad Benchekroun Belabbes, Kawtar Belkhadir

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  Métastase ombilicale d'une tumeur rectale : à propos d'un cas

  Issam Yazough, Mohammed Amine el Maati Allah

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  Métastase osseuse isolée du radius métachrone d’un cancer rectal

  Houda Eddekkaoui, Tarik Chekrine, Souha Sahraoui, Sofia Marouane, Amina Alj, Soumaya Zamiati, Mohamed Nechad, Abdellatif Benider

  Les métastases osseuses isolées des cancers colorectaux sont très rares. Le squelette axial est habituellement le plus atteint. La localisation au niveau du radius est exceptionnelle. Nous rapportons l'observation d'une femme âgée de 60 ans avec une métastase du radius distal isolée métachrone d'un cancer du haut rectum opéré un an auparavant. La métastase a été découverte sur les examens d'imagerie et confirmée par biopsie. Une amputation a été réalisée suite à une progression de la maladie après une radiothérapie palliative. L'évolution était marquée par l'apparition de métastases pulmonaires et le décès est survenu dans un tableau de défaillance respiratoire.

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  Métastase pariétale d’un adénocarcinome bronchique

  Yasser El Brahmi, Mbarek Yakka, Abdelkader Ehirchiou, Mountassir Moujahid, Aziz Zentar

  Les métastases cutanées du carcinome bronchogénique sont rares, elles témoignent d'un stade tardif de la maladie. Nous rapportons le cas d'une métastase cutanée d'un adénocarcinome bronchique traitée chirurgicalement en vue d'améliorer le confort du malade.

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  Métastase parotidienne d’un cancer du sein: à propos d’un cas et revue de la littérature

  Fatimazahra El M’rabet, Rajae Kanab, Taoufiq Ameuraoui, Fatoumata Sidibe, Meryem Azegrare, Samia Arifi, Moustapha El Maaroufi, Afaf Amarti, Nawfal Mellas

  La localisation au niveau de la parotide des métastases du cancer du sein est très rare, quelques cas ont été rapportés dans la littérature. On rapporte le cas d'une patiente de 43 ans, qui a été traitée pour un cancer du sein droit, et qui a présenté deux ans après la fin du traitement une métastase au niveau de la parotide gauche, confirmée histologiquement.

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  Métastase pleurale et pulmonaire d’une polyadénofibromatose dégénéréé: à propos d’un cas

  Kawtar El Hachimi, Hanane Benjelloun, Nahid Zaghba, Najiba Yassine

  La polyadénofibromatose ou l’adénofibromatose est définie par la présence d’au moins 3 adénofibromes, uni ou bilatéraux atteignant une taille importante responsable de troubles trophiques. Nous rapportons une observation colligée au service des maladies respiratoires du Centre Hospitalier Universitaire Ibn Rochd de Casablanca. Il s’agit d’une patiente âgée de 46ans, suivie depuis l’âge de 30 ans pour une adénofibromatose bilatérale opérée à 4 reprises. Suite à un bilan préopératoire d’une mastectomie bilatérale, une radio du thorax a été réalisée objectivant un hémithorax droit opaque avec refoulement des éléments du médiastin. L’examen clinique retrouvait un syndrome d’épanchement liquidien de l’hémithorax droit et une adénopathie cervicale sus claviculaire gauche. La ponction biopsie pleurale confirmait la localisation pleurale d’un carcinome peu différencié et invasif compatible avec une origine mammaire. La bronchoscopie après évacuation pleurale objectivait un aspect infiltré de tout l’arbre bronchique, dont les biopsies concluaient au même résultat anatomopathologique. Le traitement préconisé était une polychimiothérapie. L’évolution était marquée par l’apparition de métastases hépatiques. A travers cette observation, nous concluons que les adénofibromes nécessitent une surveillance régulière vu le risque de dégénérescence vers le cancer du sein qui est une cause fréquente de métastases pleuropulmonaires.

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  Métastase splénique d'un adénocarcinome colique - à propos d'un cas et revue de la littérature

  Fatima Zahra El M'rabet, Sami Aziz Brahmi, Siham Rachidi, Siham Tizniti, Afaf Amaarti, Khalid Ait Taleb, Omar El Mesbahi

  L'atteinte métastatique de la rate est rare et exceptionnellement isolée. En effet, elle survient généralement dans le cadre d'une atteinte multi viscérale. Les cancers les plus pourvoyeurs de métastase splénique sont les mélanomes, les carcinomes de l'ovaire, du sein et du poumon. Dans le cancer colique, l'atteinte métastatique isolée de la rate est rare, dix cas seulement ont été décrits dans la littérature jusque-là. À travers cette revue, nous décrivons un nouveau cas présentant un adénocarcinome colique avec métastase splénique métachrone, tout en discutant les aspects cliniques et les différentes approches thérapeutiques décrites dans la littérature. Nous rapportons un nouveau cas d'un patient âgé de 46ans ayant un adénocarcinome colique traité, et qui a présenté 5 ans plus tard une métastase splénique de découverte fortuite lors d'un bilan radiologique de surveillance, pour laquelle le patient a bénéficié d'une splénectomie suivie d'une chimiothérapie systémique avec une bonne évolution. Les métastases spléniques isolées des tumeurs solides sont rares, et leur diagnostic est souvent de découverte fortuite. La splénectomie totale est un moyen efficace de faire le diagnostic définitif de ces métastases et de les traiter afin de prévenir les complications et d'améliorer la survie.

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  Métastase vésicale d'un adénocarcinome gastrique en bague à chaton

  Youssef Seddik, Ouissam Al Jarroudi, Sami Aziz Brahmi, Said Afqir

  Bien que le cancer primitif de la vessie représente le deuxième cancer urologique après le cancer de la prostate, les métastases vésicales sont rares et le primitif gastrique reste exceptionnel. On rapporte le cas d'un patient âgé de 46 ans, avec des épigatsralgies chroniques, qui présentait une hématurie totale avec des signes irritatifs urinaires. La cystoscopie a montré une vessie inflammatoire sans lésion tumorale décelable. La biopsie vésicale avec une étude anatomopathologique a été en faveur d'un adénocarcinome peu différencié à cellules indépendantes. Le scanner thoraco-abdomino-pelvien a montré un épaississement vésical et gastrique. La fibroscopie oeso-gastroduodénale a montré une tumeur bourgeonnante ulcérée fundique qui a été biopsiée. L’étude anatomo-pathologique a montré un adénocarcinome gastrique à cellules indépendantes mucipares. Le patient a eu 6 cures de chimiothérapie palliative de première ligne type EOX à base d'Epirubicine, Oxaliplatine, et Capécitabine, avec une légère régression tumorale puis une chimiothérapie de maintenance à base de Capécitabine.

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  Métastases au niveau des sites d’introduction des trocarts secondaires à un adénocarcinome de la vésicule biliaire

  Mohamed Essarghini, Ahmed Bounaim

  Fortuitous systematic histological examination discovery of gallbladder adenocarcinoma after laparoscopic cholecystectomy performed due to acute cholecystitis is rare. It requires reoperation through subcostal approach for vesicular bed resection as well as excision of the trocar trajectories. We here report the case of a 73-year old female patient with a history of laparoscopic surgery for acute cholecystitis performed three years before. Anatomopathological examination had showed tubulo-papillary adenocarcinoma of the vesicle, but the patient refused reoperation. Currently, she presented with two masses in the anterior abdominal wall, one of which was ulcerated. Abdominal CT scan objectified two parietal and peritoneal tissue masses and CA19-9 dosage was largely positive at 946 U/ml (30 times the normal value). Biopsy under local anesthesia confirmed tumor recurrence and the patient was referred to the Department of Oncology for GEMOX chemotherapy before revaluation for possible surgery.

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